《超级马力欧银河大电影》讲述了经典游戏《超级马力欧银河》改编而成的故事，背景设定在浩瀚的宇宙中。影片以马力欧勇敢踏上拯救碧琪公主和恢复星际和平为主线，展开了一段奇幻且刺激的冒险旅程。银河系中弥漫着神秘的能量星尘，而库巴再次发动入侵，意图统治整个宇宙。

故事开始于蘑菇王国突然遭受库巴的侵袭，碧琪公主被绑架，马力欧收到来自神秘生物鲁伊吉和星之孩子露易的求助。为了拯救公主和拯救银河，他踏上充满未知与挑战的星际旅程，穿越不同的星球和空间站，解开各种谜题，克服重重困难。马力欧在过程中不断成长，展现出勇敢、善良和坚定的品质。

影片的高潮部分发生在马力欧与库巴的最终对决中，双方展开惊心动魄的战斗。在关键时刻，星之孩子的力量帮助马力欧获得额外能量，成功击败了库巴，拯救了碧琪公主和整个银河系。故事以和平重归，马力欧与伙伴们欢庆胜利作为结尾，传递出希望与勇气的重要讯息。