《瑶山大剿匪》讲述了抗战胜利后，瑶山地区因地理复杂成为匪患频发之地，国家派遣精锐部队剿匪扫黑，恢复地方安宁的故事。影片以瑶山这片少数民族聚居区为背景，展现了剿匪斗争的艰难和人民群众的疾苦，真实反映了1940年代后期社会动荡的历史画卷。

故事围绕八路军老战士林峰展开，他被调往瑶山带领部队剿灭盘踞的恶匪头目“黑虎”及其匪帮。林峰沉着冷静，富有正义感，善于与当地群众沟通，赢得支持。影片描绘了剿匪过程中激烈的战斗和复杂的人际关系，林峰不仅要面对强敌“黑虎”的凶残与狡诈，还要破解内部叛徒带来的威胁。

剧情高潮部分，林峰与匪帮在瑶山深林展开生死搏杀，经过精心布控和群众配合，部队最终包围匪窝。在这场剿匪战斗中，林峰智勇双全，成功瓦解匪首“黑虎”的势力，彻底肃清瑶山匪患。影片结尾，瑶山人民恢复安宁，他们与军队并肩建设新生活，彰显出战胜困难、追求和平的坚定信念。