《捡到一只软萌小鲛人》讲述了一个现代都市与神秘海洋世界交织的温馨奇幻故事。故事发生在沿海小城，青年大学生林晓在一次海边散步时意外发现了一只受伤的小鲛人。小鲛人外表软萌可爱，拥有半人半鱼的独特形态，似乎来自未知的海底世界。

林晓决定偷偷照顾这只小鲛人，给它起名“阿鲛”。随着相处时间的增加，两者之间建立了深厚的友谊。阿鲛逐渐适应陆地生活，展现出纯真好奇和敏锐的感官，而林晓则在照顾它的过程中逐渐揭开了有关鲛人族群的神秘传说。影片通过细腻的情感描绘，展现了人与异世界生物间的信任与理解。

故事的转折点在于当地一伙捕鲛人组织出现，他们企图捕捉阿鲛以获取利益。林晓与阿鲛不得不携手面对危机，展开一场保护与逃亡的冒险。高潮部分，林晓带领小镇居民联合抵御，最终成功帮助阿鲛返回海洋家园。结局温馨感人，彰显了守护自然与珍惜异类生命的重要意义。